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公开(公告)号：CN105678810B
公开(公告)日：2018-05-08
申请号：CN201610017579.1
申请日：2016-01-12
Applicant: 上海交通大学
IPC: G06T7/20
Abstract: 一种图像处理领域的基于全局和局部层次最优的细胞跟踪方法，通过椭圆拟合初次分割得到的独立区域，识别出欠分割的粘连细胞，再使用小波变换方法进一步分割，计算分割后所有细胞的质心作为细胞唯一特征，使用二分图匹配方法对细胞的帧间关联，再分别对细胞移入、细胞移出、细胞分裂和细胞遮挡事件进行识别处理，循环匹配并得到不完整的细胞轨迹段，通过对细胞轨迹段分析识别纠错，最终基于局部最优生成完整细胞轨迹。本发明利用细胞的位置信息实现细胞分裂的子细胞关联，对不同的数据集具有良好的通用性。
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公开(公告)号：CN107577924A
公开(公告)日：2018-01-12
申请号：CN201710951364.1
申请日：2017-10-13
Applicant: 上海交通大学
Abstract: 本发明涉及RNA生物学领域，具体涉及一种基于深度学习的长链非编码RNA(long noncoding RNA，lncRNA)亚细胞位置预测算法。针对多分类问题训练样本中存在的类别不均衡性，本发明提出了一种新型的上采样方法来对训练样本进行预处理。采用堆叠的栈式自编码器来对序列的原始特征进行特征提取。本发明采用了基于深度学习的融合算法来整合多个分类器的预测效果。采用上采样方法大大减小了数据集的不平衡性对分类器效果的影响。在原始特征中有效提取出了区分度较高的更高层次特征。采用基于深度学习的融合算法整合各个分类器的预测结果，提高了鲁棒性，更加适应亚细胞位置多样性和复杂性的具体情形。
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公开(公告)号：CN107092790A
公开(公告)日：2017-08-25
申请号：CN201710255814.3
申请日：2017-04-19
Applicant: 上海交通大学
Abstract: 本发明提供一种冷冻电镜三维密度图分辨率检测方法，包括步骤：输入冷冻电镜三维密度图和纯噪声三维密度图；生成掩膜集；利用各掩膜分别对纯噪声三维密度图进行分割分别获得第一膜内数据和第一膜外数据；计算第一膜内噪声谱功率和第一膜外噪声谱功率；计算获得线性参数集；利用各掩膜分别对冷冻电镜三维密度图进行分割分别获得第二膜内数据和第二膜外数据；根据第二膜内数据、第二膜外数据和线性参数集计算获得各掩膜所对应的第二膜内数据谱信噪比曲线图；根据第二膜内数据谱信噪比曲线图获得分辨率集，根据分辨率集绘制分辨率集三维曲面图；获得全局分辨率值。本发明的一种冷冻电镜三维密度图分辨率检测方法，具有简单、直观、操作便捷的优点。
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公开(公告)号：CN106951735A
公开(公告)日：2017-07-14
申请号：CN201710140273.X
申请日：2017-03-10
Applicant: 上海交通大学
Abstract: 本发明公开了一种基于分层混合模型的信号肽及其切割位点的预测方法，首先在第一层应用基于氨基酸残基特征的SVM分类器识别蛋白质序列是否含有N端疏水性片段；然后在第二层应用基于氨基酸残基特征和功能性结构域特征对应的朴素贝叶斯和SVM分类器识别疏水性片段是信号肽还是N端跨膜螺旋；最后在第三层，先根据统计学习规则筛选候选切割位点并计算统计性信任分数，然后再通过Needleman‑Wunsch序列比对算法计算候选信号肽序列的相似性分数，对统计性信任分数和序列相似性分数积分确定预测的信号肽切割位点。
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公开(公告)号：CN106056611A
公开(公告)日：2016-10-26
申请号：CN201610390119.3
申请日：2016-06-03
Applicant: 上海交通大学
IPC: G06T7/00
Abstract: 一种基于区域信息和边缘信息的水平集图像分割方法及其系统，根据图像的区域信息和边缘信息，构建能量泛函并初始化水平集函数，得到初始水平集函数；采用梯度下降流方法得到水平集函数演化方程，并基于能量泛函依次进行粗分割阶段和平滑阶段的水平集函数演化处理，进行图像的大致分割和精确定位，得到分割后的图像；所述的系统包括：初始化模块、水平集函数演化模块、颜色方差计算模块和分割结果输出模块；本发明减少了水平集函数的迭代次数，提高了水平集对彩色图的分割定位能力。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN105069797A
公开(公告)日：2015-11-18
申请号：CN201510495697.9
申请日：2015-08-13
Applicant: 上海交通大学
IPC: G06T7/00
CPC classification number: G06T7/0002 , G06T2207/10061
Abstract: 一种基于掩膜的冷冻电镜三维密度图分辨率检测方法，通过三维二值掩膜对冷冻电镜重构的三维密度图进行分割，分别计算三维密度图的膜内颗粒结构部分和膜外背景噪声部分基于傅里叶空间三维球壳的半径功率谱，得到三维密度图的信号功率和噪声功率，进而通过光谱信噪比计算得到的基于掩膜的光谱信噪比曲线和选定的阈值得到全局分辨率的估计值，实现对冷冻电镜的重构质量的评测；本发明可直接从冷冻电镜重构的三维密度图估计分辨率，算法简单易行，有较大的应用空间。
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公开(公告)号：CN120047807A
公开(公告)日：2025-05-27
申请号：CN202510122451.0
申请日：2025-01-26
Applicant: 上海交通大学
IPC: G06V20/05 , G06V10/82 , G06T7/246 , G06V10/80 , G06N3/0464
Abstract: 一种海洋底栖生物检测、识别与跟踪方法，通过收集并筛选构建海洋生物底栖数据集，经小目标数据增强后，使用P2‑YOLOv11深度学习模型对目标实现检测及初步分类；再使用轻量化ShuffleDeepsort跟踪算法进行跟踪；最后结合跟踪所得轨迹信息和初步分类信息进行动态跳帧识别，使用多层次分类网络在不同阶元系统下实现精细分类，得到海洋生物的多层次识别结果。本发明能够显著提高小目标海洋底栖生物图像以及水下航行器实拍的海底多目标跟踪图像的处理效果。
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公开(公告)号：CN114841245B
公开(公告)日：2025-05-02
申请号：CN202210352551.9
申请日：2022-04-05
Applicant: 上海交通大学
Abstract: 一种基于图网络掩膜节点分类的固定骨架的蛋白质序列设计方法，在离线阶段，通过构建样本的蛋白质最近临图作为训练集，对图神经网络进行训练；在在线阶段，通过训练后的图神经网络对缺失序列的蛋白质结构的最临近图进行处理，得到缺失的氨基酸类别概率，然后对类别概率进行采样得到预测的缺失的氨基酸序列。本发明通过增加了更多的结构约束，在蛋白质图中相连的氨基酸对加入了距离和相对角度特征以及每个氨基酸的二面角特征，然后建立近邻图，实现了基于Transformer多头注意力机制的更高效的图网络并探究了最优的氨基酸mask比例。
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公开(公告)号：CN119229953A
公开(公告)日：2024-12-31
申请号：CN202411282559.8
申请日：2024-09-13
Applicant: 上海交通大学
Abstract: 一种基于冷冻电镜与扩散模型的蛋白质结构预测方法，从冷冻电镜电子密度图中提取出特征点并转化为点云结构，根据点云结构分别通过DAQ模型预测得到对应的氨基酸种类，通过AlphaFold2神经网络对输入氨基酸序列得到一维、二维张量特征并用于训练构造得到的基于条件扩散的去噪神经网络，使其支持冷冻电镜点云结构信息的输入以及电镜信息与序列信息的融合，再以训练后的去噪神经网络配合基于条件扩散的采样过程实现蛋白质骨架结构预测。本发明依靠冷冻电镜信息给出更精确的预测结构，同时通过扩散模型反映变化构象空间，能够在低质量的预测结构预测样本上提高预测结构精度，同时提高了基于冷冻电镜电子密度图的结构总体预测精度，反映了预测结构构象的变化。
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公开(公告)号：CN118212992A
公开(公告)日：2024-06-18
申请号：CN202410366118.X
申请日：2024-03-28
Applicant: 上海交通大学
Abstract: 一种基于注意力强化网络的蛋白质序列分类定位系统及方法，包括：序列预处理模块、序列表征嵌入模块、注意力强化网络、重要片段提取器、重要位点可视化模块、片段筛选提取模块和分类预测器模块，本发明充分发挥基于注意力机制设计的网络便于可视化、可解释性强的特点，通过与蛋白质大语言模型结合，能够充分利用大语言模型在预训练过程中学习到的生物学知识，能够解决相关技术中有效结合大语言模型对蛋白质序列的生物特性预测与蛋白质序列上关键区域、重要模式特征的识别与挖掘问题。
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