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公开(公告)号：CN103776891A
公开(公告)日：2014-05-07
申请号：CN201310397694.2
申请日：2013-09-04
Applicant: 中国科学院计算技术研究所
IPC: G01N27/62
Abstract: 本发明涉及一种检测差异表达蛋白质的方法，面向定量蛋白质组学中的基于一级谱图信息的标记和非标记的相对定量数据分析，包括肽谱匹配、可信度评价、肽段信号提取、肽段比值计算、蛋白质比值计算、统计学分析，根据某蛋白质在两种或多种样品中对应的质谱信号强度比值判断其是否是差异表达蛋白质。对于近百GB的规模的质谱实验采集的数据，快速地自动化分析，对不同蛋白质在质谱仪中的信号尽可能精准地提取蛋白质信号；从统计学意义上确定蛋白质差异表达，并对结果的准确性进行评价。
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公开(公告)号：CN101477089B
公开(公告)日：2012-06-13
申请号：CN200910076588.8
申请日：2009-01-09
Applicant: 中国科学院计算技术研究所
Abstract: 本发明提供一种蛋白质翻译后修饰的发现方法，包括：利用蛋白质样品的实验串联质谱数据中的肽色谱保留时间以及肽质量计算所有谱图之间的谱图差异向量；建立可能包含修饰质量的候选修饰质量区间；在每个所述的候选修饰质量区间上，估计所述谱图差异向量的混合分布，计算所述混合分布中各个分布的标准差，由所述标准差确定所述候选修饰质量区间内由所述蛋白质翻译后修饰导致的分布；计算由所述蛋白质翻译后修饰导致的分布的均值，由所述均值的质量分量得到所述蛋白质翻译后修饰的精确质量实验值，由所述均值的保留时间分量得到所述蛋白质翻译后修饰对肽色谱保留时间的影响。本发明的方法具有高效、准确、鲁棒的优点。
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公开(公告)号：CN102445544A
公开(公告)日：2012-05-09
申请号：CN201010508217.5
申请日：2010-10-15
Applicant: 中国科学院计算技术研究所
Abstract: 本发明公开了一种提高单同位素峰判断准确率的方法和系统。所述方法，包括下列步骤：根据选定的串联质谱，确定候选同位素峰簇；根据所述候选同位素峰簇的色谱流出曲线的相似度和强度比值，确定同位素峰簇的起止；根据所述同位素峰簇的起止，确定单同位素峰的质量；判断是否还有串联质谱没有确定单同位素峰，若是，则返回选择新的串联质谱，确定候选同位素峰簇，否则，结束。
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公开(公告)号：CN102411680A
公开(公告)日：2012-04-11
申请号：CN201010292032.5
申请日：2010-09-26
Applicant: 中国科学院计算技术研究所
IPC: G06F19/18
Abstract: 本发明有关于一种蛋白质鉴定的大规模分布式并行加速方法及其系统，其中该方法包括：步骤1，对蛋白质序列进行理论酶切得到肽序列，对肽序列进行排序、去冗余处理，以创建肽索引文件块；步骤2，用并行处理方法，对质谱谱图进行排序，并将排序后的质谱谱图进行平均划分，得到多个谱图数据块；步骤3，将谱图数据块平均分配给多个主进程，各主进程对所分配的谱图数据块进行排序，依次指派给空闲的从进程进行肽谱匹配鉴定；步骤4，用并行处理方法，汇总鉴定结果，利用鉴定得到的肽序列推断对应的蛋白质序列，生成输出文件。本发明在处理器核规模达到几百甚至超过千个以上，进行蛋白质鉴定能取得满意的加速效率。
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公开(公告)号：CN101477089A
公开(公告)日：2009-07-08
申请号：CN200910076588.8
申请日：2009-01-09
Applicant: 中国科学院计算技术研究所
Abstract: 本发明提供一种蛋白质翻译后修饰的发现方法，包括：利用蛋白质样品的实验串联质谱数据中的肽色谱保留时间以及肽质量计算所有谱图之间的谱图差异向量；建立可能包含修饰质量的候选修饰质量区间；在每个所述的候选修饰质量区间上，估计所述谱图差异向量的混合分布，计算所述混合分布中各个分布的标准差，由所述标准差确定所述候选修饰质量区间内由所述蛋白质翻译后修饰导致的分布；计算由所述蛋白质翻译后修饰导致的分布的均值，由所述均值的质量分量得到所述蛋白质翻译后修饰的精确质量实验值，由所述均值的保留时间分量得到所述蛋白质翻译后修饰对肽色谱保留时间的影响。本发明的方法具有高效、准确、鲁棒的优点。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN108052801B
公开(公告)日：2020-06-26
申请号：CN201711235673.5
申请日：2017-11-30
Applicant: 中国科学院计算技术研究所
IPC: G16B50/30
Abstract: 本发明涉及一种基于正则表达式的N糖结构库构建方法与系统，包括：将五糖核心中每个单糖作为一个节点，为各节点进行编号以明确节点所代表的单糖类别，根据各节点间的连接关系和编号，计算五糖核心中每个节点的正则表达式，并将所有正则表达式集合，作为x糖结构字符串码，其中x为糖结构所具有的节点数；以正则表达式为基础，通过枚举法生成节点数目为x+1的糖结构的字符串码，作为x+1糖结构字符串码；根据x+1糖结构字符串码，对生成的节点数目为x+1的各个糖结构去冗余并判断其结构的合理性，将合理且没有冗余的x+1糖结构输出到文本文件中，并将文本文件作为N糖结构库。本发明节省了枚举糖库过程中的空间开销，还有效地提高了糖结构的枚举速度。
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公开(公告)号：CN107563148B
公开(公告)日：2020-06-05
申请号：CN201710701999.6
申请日：2017-08-16
Applicant: 中国科学院计算技术研究所
Abstract: 本发明涉及一种基于离子索引的整体蛋白质鉴定方法与系统，包括统计碎裂位点，挖掘碎裂模式。在待测蛋白质样品的完整数据集鉴定结果中统计强度最高多根谱峰匹配到的氨基酸位点，用于离子索引表的创建。对C端碎裂的位点和N端碎裂的位点处产生的碎片离子建立倒排索引表。对于每张谱图，去除母离子峰后，提取强度最高的多根谱峰作为查询谱峰，检索离子索引表获取候选蛋白质。粗打分过滤候选蛋白质，其中粗打分采用了改进的BM25算法，并考虑了N/C端可变修饰和互补离子。本发明通过上述技术点，能兼顾高效蛋白质鉴定效率和解析率，尤其对于碎裂不是很充分的质谱数据，效果更为明显。
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公开(公告)号：CN106198706B
公开(公告)日：2019-02-01
申请号：CN201610497295.7
申请日：2016-06-29
Applicant: 中国科学院计算技术研究所
IPC: G01N27/62
Abstract: 本发明提供一种对多肽交联肽段进行质谱鉴定的假发现率控制方法，包括：1)对于每张谱图，基于肽段匹配模型，在存储了单条肽段结构的数据库中进行搜索，得出匹配的n肽交联的鉴定结果；数据库既包括真实肽段结构也包括诱饵肽段结构；2)对于每个谱图的鉴定结果，根据该鉴定结果中分别匹配到真实肽段结构和诱饵假肽段结构的肽段数目，将该鉴定结果归类至鉴定结果集合Rk，其中Rk来表示n肽交联鉴定结果中，有k条肽段为诱饵肽段结构，(n‑k)条肽段为真实肽段结构的鉴定结果集合，0≤k≤n，n为不小于3的自然数；3)计算n肽交联的假发现率FDR(n)。本发明更加准确地估计多肽交联肽段质谱鉴定的假发现率；能够帮助提高鉴定的准确率和鉴定率。
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公开(公告)号：CN106018535B
公开(公告)日：2018-11-09
申请号：CN201610309699.9
申请日：2016-05-11
Applicant: 中国科学院计算技术研究所
IPC: G01N27/62
Abstract: 本发明提供一种完整糖肽鉴定的方法，包括：对于任一待鉴定的实测串联质谱，遍历糖链结构数据库，对于其中每个糖链结构：根据当前串联谱图的母离子质量，推断出碎裂测试中所有可能获得的糖肽Y离子的质量，进而计算匹配到当前二级谱图的谱峰的数目，并将这个匹配谱峰的数目作为对应情形下的糖肽Y离子与当前二级谱图匹配的粗打分结果；取粗打分前K名的糖链结构作为候选糖链结构；对于当前串联谱图，遍历所有的候选糖链结构，对于每一候选糖链结构进行实测谱和肽段的理论谱的谱谱匹配打分，以及实测谱和糖链结构的理论谱的谱谱匹配打分，进而得出糖肽结构鉴定结果。本发明能够提高完整糖肽规模化鉴定的可靠性且计算复杂度低。
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公开(公告)号：CN106770605A
公开(公告)日：2017-05-31
申请号：CN201611019740.5
申请日：2016-11-14
Applicant: 中国科学院计算技术研究所
IPC: G01N27/62
CPC classification number: G01N27/62
Abstract: 本发明提供了从头测序方法，其包括将待解析的谱图转化为质谱连接图，统计所述质谱连接图中各条路径的得分，提取路径得分高的前若干条普通路径和修饰路径作为候选肽段，其中，所述普通路径为仅由普通边组的路径，所述修改路径为由普通边和修饰边组成的路径且其中仅包含一条修饰边；以及对于每个候选肽段进行肽谱匹配打分，取肽谱匹配打分最高的候选肽段作为所述谱图对应的肽段。该方法可以支持上千种意外修饰的发现，而且不会对肽段鉴定的速度有较大影响。另外，还可以更细粒度地区分相似肽段序列，改善了肽段鉴定的准确率。
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