公开(公告)号：CN102411666B

公开(公告)日：2014-04-16

申请号：CN201010292060.7

申请日：2010-09-26

Applicant: 中国科学院计算技术研究所

Inventor： 王乐珩 ,  王文平 ,  迟浩 ,  吴妍洁 ,  周郴 ,  付岩 ,  孙瑞祥 ,  贺思敏

IPC: G06F19/18 ,  G06F17/30

Abstract: 本发明有关于一种蛋白质鉴定的大规模分布式并行加速方法及其系统，其中该方法包括：步骤1，用并行处理方法，对蛋白质序列进行理论酶切得到肽序列，对肽序列进行排序、去冗余处理，以创建肽索引文件块；步骤2，对质谱谱图进行排序，并将排序后的质谱谱图进行平均划分，得到多个谱图数据块；步骤3，将谱图数据块平均分配给多个主进程，各主进程对所分配的谱图数据块进行排序，依次指派给空闲的从进程进行肽谱匹配鉴定；步骤4，用并行处理方法，汇总鉴定结果，利用鉴定得到的肽序列推断对应的蛋白质序列，生成输出文件。本发明在处理器核规模达到几百甚至超过千个以上，进行蛋白质鉴定能取得满意的加速效率。

公开(公告)号：CN102411680B

公开(公告)日：2014-03-26

申请号：CN201010292032.5

申请日：2010-09-26

Applicant: 中国科学院计算技术研究所

Inventor： 王乐珩 ,  王文平 ,  迟浩 ,  吴妍洁 ,  周郴 ,  付岩 ,  孙瑞祥 ,  贺思敏

IPC: G06F19/18

Abstract: 本发明有关于一种蛋白质鉴定的大规模分布式并行加速方法及其系统，其中该方法包括：步骤1，对蛋白质序列进行理论酶切得到肽序列，对肽序列进行排序、去冗余处理，以创建肽索引文件块；步骤2，用并行处理方法，对质谱谱图进行排序，并将排序后的质谱谱图进行平均划分，得到多个谱图数据块；步骤3，将谱图数据块平均分配给多个主进程，各主进程对所分配的谱图数据块进行排序，依次指派给空闲的从进程进行肽谱匹配鉴定；步骤4，用并行处理方法，汇总鉴定结果，利用鉴定得到的肽序列推断对应的蛋白质序列，生成输出文件。本发明在处理器核规模达到几百甚至超过千个以上，进行蛋白质鉴定能取得满意的加速效率。

公开(公告)号：CN101751416A

公开(公告)日：2010-06-23

申请号：CN200810227539.5

申请日：2008-11-28

Applicant: 中国科学院计算技术研究所

Inventor： 李由 ,  贺思敏 ,  付岩 ,  袁作飞 ,  迟浩 ,  王海鹏 ,  王乐珩 ,  孙瑞祥

IPC: G06F17/30

Abstract: 本发明提供一种对字符串进行排序的方法，包括：为所要排序的所有字符串中的字符分类，为一个类别的字符赋予一个数值，不同类别的字符所赋予的数值互不相同；结合各个字符所赋予的值，采用哥德尔编码方法对所要排序的各个字符串分别进行编码，一个字符串得到一个用数字表示的哥德尔编码值；对所要排序的所有字符串比较它们的哥德尔编码值，根据所述哥德尔编码值间的大小，对所述字符串做排序操作。本发明采用哥德尔编码方法将字符串映射成用浮点数表示的哥德尔编码值，然后通过对所述的哥德尔编码值的排序实现对字符串的排序，显著提高了排序效率。