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公开(公告)号：CN107460254A
公开(公告)日：2017-12-12
申请号：CN201710928978.8
申请日：2017-10-09
Applicant: 扬州大学
Abstract: 本发明涉及分子生物学和生物信息学领域，具体涉及一种基于猪LINE1转座子插入多态性研发新型分子标记的方法。该方法是利用LINE1的5’端核苷酸序列或3’端核苷酸序列作为查询序列，在猪公开的基因组寻找插入位点；对寻找到的LINE1的每个插入位点，分别向上、下游延伸300-500个核苷酸序列，然后下载每条序列；获得的序列去除冗余；根据获得的序列信息设计检测引物，再利用所得的待验证分子标记引物PCR扩增不同品种，或同一品种不同个体基因组样品，选取能清晰扩出条带且有多态性的引物组合，获得分子标记。本发明方法可以为猪的品系鉴定，育种中的标记辅助选择提供有用的分子标记。
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公开(公告)号：CN111705144B
公开(公告)日：2022-11-18
申请号：CN202010690558.2
申请日：2020-07-17
Applicant: 扬州大学
IPC: C12Q1/6888 , C12Q1/6858 , C12N15/11 , C12N15/12
Abstract: 本发明属于动物遗传育种领域和分子标记选育领域，具体涉及一个与猪背膘厚关联的ZNF2基因内的SINE转座子多态分子标记及其检测方法，含有该分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示，其来自ZNF2基因，SEQ ID NO:1序列的251到564位点存在一个正向SINE转座子的插入多态。本发明的ZNF2基因内的SINE转座子多态分子标记可用于猪个体的选育(背膘厚性状)，也可在配种时提供分子依据。该新的分子标记将有力的辅助背膘厚性状的选育，加快育种进度，减少育种成本，提高经济效益。本发明的ZNF2基因内SINE转座子插入多态为筛选猪的背膘厚提供了一个新的分子标记。
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公开(公告)号：CN112522424A
公开(公告)日：2021-03-19
申请号：CN202011502063.9
申请日：2020-12-18
Applicant: 扬州大学
IPC: C12Q1/6888 , C12N15/11
Abstract: 本发明提供一种利用猪TLR6基因ERV插入多态提高仔猪天然免疫力的分子标记及其育种方法，涉及分子遗传学领域。192bp的ERV插入后TLR6基因的启动子活性显著升高，且天然免疫相关的TLR信号通路中的TLR6、TLR1、下游的MyD88，Rac1，TOLLip，TIRAP及细胞因子IL‑6，IL‑8和TNFα基因在30日龄仔猪重要免疫器官中的表达及血液中IL‑6和TNFα因子水平升高。可见通过检测猪TLR6基因的192bpERV插入多态可以作为提高仔猪天然免疫力的分子标记，不仅方法简便快速，而且不受环境影响，可实现早期选种选配。
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公开(公告)号：CN112094923A
公开(公告)日：2020-12-18
申请号：CN202011057170.5
申请日：2020-09-30
Applicant: 扬州大学
IPC: C12Q1/6888 , C12Q1/6858 , C12N15/11
Abstract: 本发明属于动物遗传育种领域和分子标记选育领域，公开了一个与猪生长速度关联的LEPROT基因内的SINE转座子多态分子标记检测方法及应用。本发明的方法是检测待测猪的LEPROT基因的第一内含子区是否存在一个276bp的SINE转座子反向插入多态标记，该分子标记显著影响猪的100kg体重日龄的性状。本发明还提供了一种用于鉴定该分子标记位点的引物对，利用该分子标记和引物对可建立高效准确的分子标记辅助育种技术，将其应用于种猪生长速度性状遗传改良中，可以提高生产效益。
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公开(公告)号：CN107523634A
公开(公告)日：2017-12-29
申请号：CN201710928987.7
申请日：2017-10-09
Applicant: 扬州大学
Abstract: 本发明涉及分子生物学和生物信息学领域，具体涉及一种基于猪ERV转座子插入多态性研发新型分子标记的方法。该方法是利用ERV的LTR序列作为查询序列，在猪公开的基因组寻找插入位点；每个插入位点分别向上游和下游延伸300-500个核苷酸序列，下载每条序列；将获得的序列去除冗余并进行多序列比对，每条插入位点序列保留300-500个ERV插入位点侧翼区核苷酸序列和LTR序列；再根据获得的序列信息设计检测引物，作为待验证分子标记引物；利用所得的待验证分子标记引物PCR扩增不同品种，或同一品种不同个体基因组样品，选取能清晰扩出条带且有多态性的引物组合，获得分子标记。本发明可以为猪的品系鉴定，育种中的标记辅助选择提供有用的分子标记。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN106868044A
公开(公告)日：2017-06-20
申请号：CN201710080738.7
申请日：2017-02-15
Applicant: 扬州大学
IPC: C12N15/85 , A01K67/027
CPC classification number: C07K14/61 , A01K67/027 , A01K2267/01 , C12N15/85 , C12N2800/107 , C12N2830/15
Abstract: 本发明涉及一种转基因动物毛色报告基因表达载体构建及其应用。该表达盒是由依次串联的两个人TYR增强子，人TYR启动子，小鼠TYR基因和bGH polyA组成；其序列如SEQ ID NO.13所示。本发明还公开了含有该表达盒的表达载体，将表达载体转入毛色为白色的宿主动物基因组，转基因表达后，产生黑色素沉积，能够在宿主动物的皮肤、毛发等部位肉眼直接观察到毛色变化，直接反应目的基因表达情况。应用本发明中构建的载体，以小白鼠为宿主动物制备转基因鼠，成功获得转基因后代，并观察到毛色变化，获得黑鼠，表明该载体可以作为报告基因应用。
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公开(公告)号：CN110257481B
公开(公告)日：2023-07-28
申请号：CN201910384029.7
申请日：2019-05-09
Applicant: 扬州大学
IPC: C12Q1/6809
Abstract: 本发明公开了一种基于比较基因组学的转座子插入多态TIP分子标记的挖掘方法，包括以下步骤：（1）选取目标基因或待研究的基因组片段为参考序列。（2）将参考序列在NCBI的WGS数据库中猪的基因组测序数据进行Blast比对，获取不同品种基因组中的同源序列，并对上述序列进行手动校对和拼接。（3）根据猪转座子数据对参考序列和拼接序列进行转座子注释以及多序列比对。（4）挑选序列间存在的超过100个碱基且对应转座子的Indel位点，作为候选TIP位点。（5）以不同品种的池DNA为模板进行PCR扩增检测，选取带型清楚且存在多态性的TIP位点。该方法可以迅速找到目标区域或基因中便于检测、结果清晰易判断的分子标记。
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公开(公告)号：CN107460254B
公开(公告)日：2020-02-14
申请号：CN201710928978.8
申请日：2017-10-09
Applicant: 扬州大学
IPC: C12Q1/6888 , G16B20/20
Abstract: 本发明涉及分子生物学和生物信息学领域，具体涉及一种基于猪LINE1转座子插入多态性研发新型分子标记的方法。该方法是利用LINE1的5’端核苷酸序列或3’端核苷酸序列作为查询序列，在猪公开的基因组寻找插入位点；对寻找到的LINE1的每个插入位点，分别向上、下游延伸300‑500个核苷酸序列，然后下载每条序列；获得的序列去除冗余；根据获得的序列信息设计检测引物，再利用所得的待验证分子标记引物PCR扩增不同品种，或同一品种不同个体基因组样品，选取能清晰扩出条带且有多态性的引物组合，获得分子标记。本发明方法可以为猪的品系鉴定，育种中的标记辅助选择提供有用的分子标记。
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公开(公告)号：CN116656834A
公开(公告)日：2023-08-29
申请号：CN202310554249.6
申请日：2023-05-17
Applicant: 扬州大学
IPC: C12Q1/6888 , C12N15/11
Abstract: 本发明公开了一种与猪背膘厚关联的PPARγ基因SINE转座子多态分子标记及检测方法和应用，该分子标记存在插入和缺失两种状态；分子标记核苷酸如SEQ ID NO:1所示序列的第121到701位点是一个581bp的正向SINE转座子的插入，PPARγ基因内SINE转座子多态分子标记位点在第49542到49543位点之间，为缺失状态，该分子标记及检测方法，应用于猪的生长性状的选育中，有效加快育种进程。
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公开(公告)号：CN110157811B
公开(公告)日：2022-06-14
申请号：CN201910409360.X
申请日：2019-05-16
Applicant: 扬州大学
IPC: C12Q1/6888 , C12N15/11
Abstract: 本发明公开了一种与猪背膘厚关联的GHR基因内SINE转座子多态分子标记、检测方法及应用。所述分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示，其来自GHR基因，该序列的200到493位点存在一个反向SINE转座子的插入多态性位点，该位点表现为SINE+/+、SINE+/‑或SINE‑/‑三种基因型，纯合插入基因型（SINE+/+）的个体背膘厚显著小于纯合无插入基因型（SINE‑/‑）的个体。本发明的GHR基因内SINE转座子多态分子标记可以用于家系选育的早期选择，也可在选配中提供分子依据。将会对背膘性状的选育提供强有力的辅助作用，加快育种进程，减少育种成本。本发明的GHR基因内SINE转座子多态分子标记为筛选猪的背膘厚提供了新的方法。
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