公开(公告)号：CN112420122A

公开(公告)日：2021-02-26

申请号：CN202011216404.6

申请日：2020-11-04

Applicant: 南京大学

Inventor： 史薇 ,  张驰 ,  陈钦畅 ,  郭婧 ,  于红霞 ,  谭皓月

IPC: G16B5/00 ,  G06F30/20 ,  G16B15/00 ,  G16B40/00 ,  G06F111/04 ,  G06F119/14

Abstract: 本发明公开了一种内分泌干扰物与核受体作用的别构位点识别方法，属于计算毒理学领域。该方法首先获取并优化受体蛋白的晶体结构，构建并优化正构配体分子、非竞争性配体分子结构，然后，构建核受体‑正构配体分子复合体，并将非竞争性配体分子放置于远离核受体表面的位置，构建核受体‑正构配体分子‑非竞争性配体分子三元复合体，并对三元复合体进行分子动力学模拟；然后，进行全局搜索分子动力学模拟；将获取的分子运动轨迹进行位置聚类分析，根据非竞争性配体分子在模拟空间范围内的团簇分布进行团簇优先级排序，识别潜在的别构位点。本发明不受已知信息、初始蛋白构象和化合物种类的限制，能够对核受体表面潜在的别构位点进行高效准确识别。

公开(公告)号：CN109545289B

公开(公告)日：2020-10-16

申请号：CN201811597767.1

申请日：2018-12-25

Applicant: 南京大学

Inventor： 史薇 ,  谭皓月 ,  陈钦畅 ,  于红霞

IPC: G16C20/80 ,  G16C20/30 ,  G16C20/20

Abstract: 本发明的一种基于分级警示结构高通量筛查内分泌干扰物的方法，涉及内分泌干扰物的虚拟筛选与活性预测领域。本发明利用子结构频率分析和子结构占比分析提取活性数据化合物的一级警示结构；利用SARpy软件对满足一级警示结构的化合物进行二级警示结构的提取；利用SARpy软件进行三级警示结构的提取；将一级警示结构和二级警示结构组合构成活性预测模块，在预测模块中先筛查出存在特征结构的化合物，再基于二级警示结构筛查出具有潜在内分泌干扰作用的警示化合物；将三级警示结构作为干扰活性预测模块，而后再基于干扰活性预测模块筛查干扰活性。本发明可以对潜在核受体介导的内分泌干扰物进行高通量筛查。

公开(公告)号：CN110501510B

公开(公告)日：2020-06-26

申请号：CN201910904152.7

申请日：2019-09-24

Applicant: 南京大学

Inventor： 史薇 ,  陈钦畅 ,  于红霞

IPC: G01N33/74

Abstract: 本发明公开了一种基于增强采样分子动力学模拟的混合拟、抗糖皮质激素干扰物的识别方法，基于核受体变构和共调节因子调控机制，采用增强采样分子动力学模拟方法，通过识别局部和全局自由能最低点并进行动态轨迹聚类，提取配体化合物作用下糖皮质激素受体的稳态构象，并根据受体第12号螺旋稳定位置与共调节因子招募/抑制机制的关系，判断受测化合物的内分泌干扰效应，识别和预测拟性、抗性和混合拟、抗糖皮质激素干扰物。相比于传统体外实验方法，此方法成本低廉、效率更高，且避免了混合拟、抗性干扰物的细胞特异性问题；相比于已有的计算机辅助筛选方法，此方法能有效识别稳态构象，实现混合拟、抗糖皮质激素干扰效应的预测。

公开(公告)号：CN109545289A

公开(公告)日：2019-03-29

申请号：CN201811597767.1

申请日：2018-12-25

Applicant: 南京大学

Inventor： 史薇 ,  谭皓月 ,  陈钦畅 ,  于红霞

IPC: G16C20/80 ,  G16C20/30 ,  G16C20/20

Abstract: 本发明的一种基于分级警示结构高通量筛查内分泌干扰物的方法，涉及内分泌干扰物的虚拟筛选与活性预测领域。本发明利用子结构频率分析和子结构占比分析提取活性数据化合物的一级警示结构；利用SARpy软件对满足一级警示结构的化合物进行二级警示结构的提取；利用SARpy软件进行三级警示结构的提取；将一级警示结构和二级警示结构组合构成活性预测模块，在预测模块中先筛查出存在特征结构的化合物，再基于二级警示结构筛查出具有潜在内分泌干扰作用的警示化合物；将三级警示结构作为干扰活性预测模块，而后再基于干扰活性预测模块筛查干扰活性。本发明可以对潜在核受体介导的内分泌干扰物进行高通量筛查。

公开(公告)号：CN105893759B

公开(公告)日：2018-08-24

申请号：CN201610201950.X

申请日：2016-04-01

Applicant: 南京大学

Inventor： 于红霞 ,  史薇 ,  陈钦畅 ,  王小享

IPC: G06F19/00

CPC classification number: G06F19/12 ,  G01N2333/723 ,  G06F19/16 ,  G06F19/18

Abstract: 本发明公开了一种基于核受体共调节因子的甲状腺激素干扰物虚拟筛选及其干扰活性的定量计算方法，它基于核受体共调节因子调节机制，采用分子动力学模拟和结合自由能计算方法，通过12号螺旋的稳定位置、甲状腺激素的后踢与共激活因子、共抑制因子相互关系判断受测化合物的甲状腺激素干扰效应，区分积极的抗性、消极的抗性和拟性效应，通过计算配体‑受体结合自由能预测相关活性大小。与现有技术相比，本发明相比于传统的体外筛查方法，成本低廉、操作简单、效率更高；相比于其他虚拟筛选方法，此方法更全面地考虑了分子作用机制，可以区分拟性和抗性，定性和定量预测结果更可靠。