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公开(公告)号：CN101928772A
公开(公告)日：2010-12-29
申请号：CN201010118902.7
申请日：2010-03-08
Applicant: 上海交通大学
Abstract: 一种食品安全技术领域的沙门氏菌血清组鉴定靶点的筛选方法，包括如下步骤：获取所有沙门氏菌的基因组DNA序列，按照血清型进行分类，拼接，得长序列，格式化成BLASTN程序文件；从目标血清型中选择一个代表菌株，切割其基因组DNA序列，得到小片段，将所有小片段与该血清型对应的长序列进行比对，选择E值趋近于0的DNA片段；之后将得到的DNA片段与其余血清型对应的长序列分别进行比对，选择最终E值均＞1的DNA片段；以步骤二最终所得DNA片段为模板，设计引物，扩增所有基因组DNA，检测扩增产物；只有属于目标血清型的基因组DNA序列能扩增到特异扩增条带时，则相应DNA片段为目标血清型的特异靶点。本发明的方法实施简便、结果准确，能够提供可靠的特异靶点。
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公开(公告)号：CN110853702B
公开(公告)日：2022-05-24
申请号：CN201910979313.9
申请日：2019-10-15
Applicant: 上海交通大学
Abstract: 本发明涉及一种基于空间结构的蛋白质相互作用预测方法，该方法包括如下步骤：(1)采集蛋白质三维空间结构标准数据；(2)构建蛋白质相互作用正、负样本数据集；(3)提取正、负样本数据集中的蛋白质三维空间结构标准数据的结构矩阵；(4)构建用于蛋白质相互作用预测的深度学习模型；(5)将正、负样本集中的结构矩阵输入至深度学习模型，训练深度学习模型；(6)获取目标蛋白质三维空间结构数据；(7)提取目标蛋白质三维空间结构数据的结构矩阵；(8)深度学习模型预测得到目标蛋白质相互作用的概率。与现有技术相比，本发明蛋白质三维空间结构数据能够提高模型对蛋白质相互作用的识别能力，大大提高蛋白质相互作用的预测准确性。
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公开(公告)号：CN105713921B
公开(公告)日：2019-02-19
申请号：CN201610221764.2
申请日：2016-04-11
Applicant: 上海交通大学
Abstract: 本发明是一种生物技术领域的转CHI基因提高青蒿中青蒿素含量的方法。本发明从青蒿中克隆查尔酮异构酶CHI基因，构建含CHI基因的植物表达载体，用根癌农杆菌介导，将CHI基因转入青蒿并再生出植株，PCR检测外源目的基因CHI的整合情况，高效液相色谱法及蒸发光散射检测器测定(HPLC‑ELSD)转基因青蒿中青蒿素的含量，筛选获得青蒿素含量提高的转基因青蒿植株。本发明获得的转基因青蒿中青蒿素含量有所提升，最高达到非转化对照植株的1.5倍，从而提供了一种提高青蒿中青蒿素含量的方法，为利用转基因青蒿大规模生产青蒿素打下了基础。
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公开(公告)号：CN102558325A
公开(公告)日：2012-07-11
申请号：CN201210006769.5
申请日：2012-01-11
Applicant: 上海交通大学
Abstract: 本发明涉及一种青蒿AaORA蛋白及编码基因、转基因青蒿植株的获得方法；所述青蒿AaORA蛋白的氨基酸序列如SEQ ID NO：6所示；同时，本发明还涉及编码青蒿AaORA蛋白的核酸序列、植物干扰表达载体、根癌农杆菌菌株以及一种转基因青蒿植株的获得方法。本发明从青蒿中克隆AaORA基因，构建含AaORA基因的植物干扰表达载体，用根癌农杆菌EH105介导，将AaORA基因干扰表达载体转化青蒿；PCR检测外源目的基因AaORA的整合情况，高效液相色谱-蒸发光散射检测器测定青蒿中青蒿素含量，筛选获得青蒿素含量明显降低的转基因青蒿植株。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN1528889A
公开(公告)日：2004-09-15
申请号：CN200310107972.2
申请日：2003-10-16
Applicant: 上海交通大学
Abstract: 一种大白菜9－顺式－环氧类胡萝卜素双氧酶蛋白编码序列，属于基因工程领域。包括：编码具有大白菜9－顺式－环氧类胡萝卜素双氧酶蛋白质活性的多肽的核苷酸序列，而且所述的核苷酸序列与SEQ ID NO.3中从核苷酸第89－1774位的核苷酸序列有至少70％的同源性；或者所述的核苷酸序列能在45－55℃条件下与SEQ ID NO.3中从核苷酸第89－1774位的核苷酸序列杂交。本发明9－顺式－环氧类胡萝卜素过氧化酶基因对ABA的合成起关键性作用，能够有效地提高作物的抗逆性，本发明具有很大的应用价值。
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公开(公告)号：CN105695507B
公开(公告)日：2020-02-07
申请号：CN201610272336.2
申请日：2016-04-27
Applicant: 上海交通大学
Abstract: 本发明是一种生物技术领域的转ICS1基因提高青蒿中青蒿素含量的方法。本发明从青蒿中克隆异分支酸合成酶ICS1基因，构建含ICS1基因的植物表达载体，用根癌农杆菌介导，将ICS1基因转入青蒿并再生出植株，PCR检测外源目的基因ICS1的整合情况，高效液相色谱法及蒸发光散射检测器测定(HPLC‑ELSD)转基因青蒿中青蒿素的含量，筛选获得青蒿素含量提高的转基因青蒿植株。本发明获得的转基因青蒿中青蒿素含量显著提高，最高达到非转化对照植株的1.90倍，从而提供了一种提高青蒿中青蒿素含量的方法，为利用转基因青蒿大规模生产青蒿素打下了基础。
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公开(公告)号：CN110136773A
公开(公告)日：2019-08-16
申请号：CN201910262202.6
申请日：2019-04-02
Applicant: 上海交通大学
IPC: G16B5/00
Abstract: 本发明涉及一种基于深度学习的植物蛋白质互作网络构建方法，包括以下步骤：1)获取蛋白质互作对11个特征数据；2)筛选获得训练集及测试集；3)构建深度学习分类模型；4)对深度学习分类模型的参数进行批量优化，获得最佳优化参数组合的分类模型；5)根据最佳优化参数组合分类模型对全基因组所有可能两两互作蛋白对进行互作关系预测；6)根据互作关系预测结果构建蛋白质互作网络。与现有技术相比，本发明具有预测准确、建模效率高等优点。
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公开(公告)号：CN105861544A
公开(公告)日：2016-08-17
申请号：CN201610221838.2
申请日：2016-04-11
Applicant: 上海交通大学
CPC classification number: C12N9/0071 , A01H4/00 , C12N15/8205 , C12N15/8243 , C12Y114/11009
Abstract: 本发明是一种生物技术领域的转F3H基因提高青蒿中青蒿素含量的方法。本发明从青蒿中克隆黄烷酮?3?羟化酶F3H基因，构建含F3H基因的植物表达载体，用根癌农杆菌介导，将F3H基因转入青蒿并再生出植株，PCR检测外源目的基因F3H的整合情况，HPLC?ELSD转基因青蒿中青蒿素的含量，筛选获得青蒿素含量提高的转基因青蒿植株。本发明获得的转基因青蒿中青蒿素含量显著提高，最高达到非转化对照植株的1.95倍，从而提供了一种提高青蒿中青蒿素含量的方法，为利用转基因青蒿大规模生产青蒿素打下了基础。
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公开(公告)号：CN105695507A
公开(公告)日：2016-06-22
申请号：CN201610272336.2
申请日：2016-04-27
Applicant: 上海交通大学
Abstract: 本发明是一种生物技术领域的转ICS1基因提高青蒿中青蒿素含量的方法。本发明从青蒿中克隆异分支酸合成酶ICS1基因，构建含ICS1基因的植物表达载体，用根癌农杆菌介导，将ICS1基因转入青蒿并再生出植株，PCR检测外源目的基因ICS1的整合情况，高效液相色谱法及蒸发光散射检测器测定(HPLC-ELSD)转基因青蒿中青蒿素的含量，筛选获得青蒿素含量提高的转基因青蒿植株。本发明获得的转基因青蒿中青蒿素含量显著提高，最高达到非转化对照植株的1.90倍，从而提供了一种提高青蒿中青蒿素含量的方法，为利用转基因青蒿大规模生产青蒿素打下了基础。
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