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公开(公告)号：CN116994671A
公开(公告)日：2023-11-03
申请号：CN202311242750.5
申请日：2023-09-25
Applicant: 之江实验室
Abstract: 本说明书公开了一种基于点云数据快速筛选小分子药物的方法及装置。方法包括：获取靶蛋白对应的受体结构模型，并基于受体结构模型中各原子之间的空间几何关系，确定受体结构模型对应的第一点云数据；根据第一点云数据对受体结构模型进行裁剪，得到目标受体结构模型；针对每个药物分子，确定靶蛋白与该药物分子的复合物结构模型；确定复合物结构模型对应的第二点云数据，并根据第二点云数据中的每个原子点对应的位置信息、每个原子点对应原子的类型信息以及每个原子点对应原子的结构信息中的至少一种，构建预测模型的输入数据；将输入数据输入预先训练的预测模型中，确定结合亲和力；根据每个药物分子与靶蛋白之间的结合亲和力进行药物筛选。
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公开(公告)号：CN115312119A
公开(公告)日：2022-11-08
申请号：CN202211226272.4
申请日：2022-10-09
Applicant: 之江实验室
Abstract: 本发明公开了一种基于蛋白质三维结构图像鉴定蛋白质结构域的方法及系统，本发明基于结构相似性鉴定蛋白质结构域，能够有效解决当序列一致性不高时，蛋白质多序列比对错误导致的蛋白质结构域识别错漏；本发明构建基于动态图卷积神经网络的点云分割模型，可通过整合全局结构特征与局部结构特征，同时完成蛋白质结构域的分割和蛋白质结构域语义标签的获取。
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公开(公告)号：CN113053468A
公开(公告)日：2021-06-29
申请号：CN202110599266.2
申请日：2021-05-31
Applicant: 之江实验室
IPC: G16C20/50
Abstract: 本发明公开了一种融合患者画像信息的药物新适应症发现方法及系统，本发明在数据驱动的药物重定位方案中引入真实世界患者用药和患者诊断数据，将药物在更广泛的人群中的实际使用效果加入到新的药物‑疾病关系预测模型中；本发明通过构建患者画像作为患者信息的特征表达，并以此构建患者‑患者网络，作为药物和疾病网络中间的媒介，构建符合实际临床过程的异构网络体系；本发明预测结果更加贴近临床，在后续老药新用验证和新的临床试验中成功的可能性更大。
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公开(公告)号：CN115424741A
公开(公告)日：2022-12-02
申请号：CN202211361950.8
申请日：2022-11-02
Applicant: 之江实验室
Abstract: 本发明公开了一种基于因果发现的药物不良反应信号发现方法及系统。本发明利用电子病历数据发现药物不良反应信号的过程中引入因果关系，最大化的保留真实世界电子病历数据中的数据维度，构建包含因果效应的贝叶斯网络结构，以及同时对用药干预和不良事件发生产生作用的混杂因素集。混杂因素集构建方法从数据出发，无需人工接入和先验知识，最大程度保留真实世界中存在的混杂因素，基于这些混杂因素构建用药干预组与对照组，模拟随机对照实验，使得组间不良反应发生情况的对比具有因果意义，进而生成具有因果关系的药物不良反应信号，在临床指导中具有重要价值。
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公开(公告)号：CN114783524B
公开(公告)日：2022-09-30
申请号：CN202210685472.X
申请日：2022-06-17
Applicant: 之江实验室
Abstract: 本发明公开了一种基于自适应重采样深度编码器网络的通路异常检测系统，包括数据采集模块、数据预处理模块、通路异常检测模型构建模块和通路异常检测模块，本发明利用基于神经网络的深度编码器算法，将个体通路异常情况评估问题转换为异常检测问题，区分异常样本与正常样本，并评估异常样本相较于正常样本的通路异常程度，改进基于主成分曲线的通路异常情况评估算法无法稳定评估通路异常情况的问题。在充分利用先验知识的情况下，富集多个生物功能相近的基因的预后信息，有效评估患者的通路异常情况，可用于肿瘤预后预测准确性的提高，辅助医生制定患者的治疗计划。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN113053468B
公开(公告)日：2021-09-03
申请号：CN202110599266.2
申请日：2021-05-31
Applicant: 之江实验室
IPC: G16C20/50
Abstract: 本发明公开了一种融合患者画像信息的药物新适应症发现方法及系统，本发明在数据驱动的药物重定位方案中引入真实世界患者用药和患者诊断数据，将药物在更广泛的人群中的实际使用效果加入到新的药物‑疾病关系预测模型中；本发明通过构建患者画像作为患者信息的特征表达，并以此构建患者‑患者网络，作为药物和疾病网络中间的媒介，构建符合实际临床过程的异构网络体系；本发明预测结果更加贴近临床，在后续老药新用验证和新的临床试验中成功的可能性更大。
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公开(公告)号：CN117334246B
公开(公告)日：2024-06-18
申请号：CN202311284290.2
申请日：2023-09-28
Applicant: 之江实验室
Abstract: 本说明书公开了一种基于计算的药物重定位的方法、装置及存储介质，获取待检测样本的基因表达数据，将所述基因表达数据输入预先训练的通路异常检测模型，获得若干个通路及所述若干个通路对应的通路异常评分，根据所述若干个通路对应的通路异常评分，确定目标通路，获取待重定位药物的作用基因集，根据目标通路，构建有向图，根据有向图，确定所述作用基因集中的作用基因与所述目标通路中的目标基因的距离，其中，所述有向图为以基因为节点，以基因之间的交互关系为边构建的，根据所述距离，对待重定位药物进行重定位。本方法通过作用基因与目标基因之间的距离，对药物进行重定位，提高了药物重定位的效率。
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公开(公告)号：CN116069956B
公开(公告)日：2023-07-04
申请号：CN202310316952.3
申请日：2023-03-29
Applicant: 之江实验室
Abstract: 本发明公开了一种基于混合注意力机制的药物知识图谱实体对齐方法及装置，本发明充分解析药物知识图谱中实体与实体之间长、短距离依赖关系，提高药物知识图谱间实体对齐的准确率。加入了对药物知识图谱中实体的固有属性信息的特征提取，同时对不同实体固有属性之间进行弱关联，从而捕捉实体间的非线性关系，进一步提高复杂知识图谱间实体对齐的准确率。本发明可以处理不同语言药物知识库之间的实体对齐问题，从而通过药物知识图谱的对齐方法解决了跨语言知识库之间的设定和构建等异质性问题。
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公开(公告)号：CN115424741B
公开(公告)日：2023-03-24
申请号：CN202211361950.8
申请日：2022-11-02
Applicant: 之江实验室
Abstract: 本发明公开了一种基于因果发现的药物不良反应信号发现方法及系统。本发明利用电子病历数据发现药物不良反应信号的过程中引入因果关系，最大化的保留真实世界电子病历数据中的数据维度，构建包含因果效应的贝叶斯网络结构，以及同时对用药干预和不良事件发生产生作用的混杂因素集。混杂因素集构建方法从数据出发，无需人工接入和先验知识，最大程度保留真实世界中存在的混杂因素，基于这些混杂因素构建用药干预组与对照组，模拟随机对照实验，使得组间不良反应发生情况的对比具有因果意义，进而生成具有因果关系的药物不良反应信号，在临床指导中具有重要价值。
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公开(公告)号：CN115148375B
公开(公告)日：2022-11-15
申请号：CN202211051408.2
申请日：2022-08-31
Applicant: 之江实验室
Abstract: 本发明公开了一种高通量真实世界药物有效性与安全性评价方法及系统，包括以下步骤：步骤S1：数据集的构建；步骤S2：构建药物有效性/安全性指标表型库；步骤S3：选定目标药物，定义目标事件、结局事件、目标日期、结局日期，并提取患者ID、目标日期和结局日期；步骤S4：在所述药物有效性/安全性指标表型库选定指标，得到目标药物‑有效性/安全性指标对；对所述目标药物‑有效性/安全性指标对利用事件序列对称分析进行高通量信号筛选，得到初筛阳性信号；步骤S5：对所述初筛阳性信号进行因果评估，确定所述目标药物的有效性与安全性。本发明通过高通量信号筛选与基于临床试验模拟的因果评估算法，高通量的完成目标药物的药物效果因果性评价。
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