一种从转录组数据中快速获取叶绿体基因组的方法

    公开(公告)号:CN112259169B

    公开(公告)日:2024-01-30

    申请号:CN202011296845.1

    申请日:2020-11-18

    Abstract: 本发明涉及一种从转录组数据中快速获取叶绿体基因组的方法,属于生物科学技术领域。为解决现有拼接、组装方法无法快速获取植物叶绿体基因组的问题,本发明提供了一种从转录组数据中快速获取叶绿体基因组的方法,以近源物种叶绿体基因组序列作为叶绿体参考基因组,使用hisat2软件进行比对、筛选;使用bwa软件再次比对、筛选;使用samtools软件进行重排,最后通过bcftools软件进行一致序列的获取,得到待测植物物种的叶绿体基因组序列。本发明不需要分离纯化叶绿体,而以全转录组数据为模板,利用叶绿体的保守特性,无需进行拼接组装,直接比对就可以筛选出完整的叶绿体基因组,简化了流程,提高了效率和实用性。(56)对比文件Lin Zhangxiang;Wang Yingying;Fu Fei;Ye Chuyu;Fan Longjiang.Completechloroplast genome of Dongxiang wild riceand its application in phylogeneticanalysis.浙江大学学报. 农业与生命科学版.2014,第40卷(第4期),全文.唐萍.蝶形花科植物叶绿体基因组研究进展.南方农业学报.2015,第46卷(第1期),全文.谢海坤;焦健;樊秀彩;张颖;姜建福;孙海生;刘崇怀.基于高通量测序组装‘赤霞珠’叶绿体基因组及其特征分析.中国农业科学.2017,第50卷(第9期),全文.秦民坚,黄芸,杨光,徐珞珊,周开亚.射干及类似药用植物叶绿体rbcL基因序列分析.药学学报.-,1900,第-卷(第02期),全文.

    一种从转录组数据中快速获取叶绿体基因组的方法

    公开(公告)号:CN112259169A

    公开(公告)日:2021-01-22

    申请号:CN202011296845.1

    申请日:2020-11-18

    Abstract: 本发明涉及一种从转录组数据中快速获取叶绿体基因组的方法,属于生物科学技术领域。为解决现有拼接、组装方法无法快速获取植物叶绿体基因组的问题,本发明提供了一种从转录组数据中快速获取叶绿体基因组的方法,以近源物种叶绿体基因组序列作为叶绿体参考基因组,使用hisat2软件进行比对、筛选;使用bwa软件再次比对、筛选;使用samtools软件进行重排,最后通过bcftools软件进行一致序列的获取,得到待测植物物种的叶绿体基因组序列。本发明不需要分离纯化叶绿体,而以全转录组数据为模板,利用叶绿体的保守特性,无需进行拼接组装,直接比对就可以筛选出完整的叶绿体基因组,简化了流程,提高了效率和实用性。

    类番茄茄和多毛番茄的组织培养方法

    公开(公告)号:CN115735773A

    公开(公告)日:2023-03-07

    申请号:CN202211545010.4

    申请日:2022-12-02

    Abstract: 本发明涉及类番茄茄和多毛番茄的组织培养方法,属于植物组织培养技术领域。为解决野生番茄扩繁困难的问题,本发明提供了类番茄茄和多毛番茄的组织培养方法,步骤包括种子消毒、组培苗的获得、生根培养和驯化移栽。本发明提供的组织培养方法通过组培苗直接生根培养成功培育出番茄近缘野生种类番茄茄和野生番茄多毛番茄,具有繁殖周期短、繁殖系数高、易生根且根系粗壮,新梢长势好,茎秆粗壮,驯化易成活、裸根移栽成活率高的优点,提高了类番茄茄和多毛番茄的存活率且解决了扩繁困难的问题,为野生番茄种质资源的多样性提供了基础。

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