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公开(公告)号：CN112259169B
公开(公告)日：2024-01-30
申请号：CN202011296845.1
申请日：2020-11-18
Applicant: 东北农业大学
Abstract: 本发明涉及一种从转录组数据中快速获取叶绿体基因组的方法，属于生物科学技术领域。为解决现有拼接、组装方法无法快速获取植物叶绿体基因组的问题，本发明提供了一种从转录组数据中快速获取叶绿体基因组的方法，以近源物种叶绿体基因组序列作为叶绿体参考基因组，使用hisat2软件进行比对、筛选；使用bwa软件再次比对、筛选；使用samtools软件进行重排，最后通过bcftools软件进行一致序列的获取，得到待测植物物种的叶绿体基因组序列。本发明不需要分离纯化叶绿体，而以全转录组数据为模板，利用叶绿体的保守特性，无需进行拼接组装，直接比对就可以筛选出完整的叶绿体基因组，简化了流程，提高了效率和实用性。(56)对比文件Lin Zhangxiang;Wang Yingying;Fu Fei;Ye Chuyu;Fan Longjiang.Completechloroplast genome of Dongxiang wild riceand its application in phylogeneticanalysis.浙江大学学报. 农业与生命科学版.2014,第40卷(第4期),全文.唐萍.蝶形花科植物叶绿体基因组研究进展.南方农业学报.2015,第46卷(第1期),全文.谢海坤;焦健;樊秀彩;张颖;姜建福;孙海生;刘崇怀.基于高通量测序组装‘赤霞珠’叶绿体基因组及其特征分析.中国农业科学.2017,第50卷(第9期),全文.秦民坚,黄芸,杨光,徐珞珊,周开亚.射干及类似药用植物叶绿体rbcL基因序列分析.药学学报.-,1900,第-卷(第02期),全文.
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公开(公告)号：CN112259169A
公开(公告)日：2021-01-22
申请号：CN202011296845.1
申请日：2020-11-18
Applicant: 东北农业大学
Abstract: 本发明涉及一种从转录组数据中快速获取叶绿体基因组的方法，属于生物科学技术领域。为解决现有拼接、组装方法无法快速获取植物叶绿体基因组的问题，本发明提供了一种从转录组数据中快速获取叶绿体基因组的方法，以近源物种叶绿体基因组序列作为叶绿体参考基因组，使用hisat2软件进行比对、筛选；使用bwa软件再次比对、筛选；使用samtools软件进行重排，最后通过bcftools软件进行一致序列的获取，得到待测植物物种的叶绿体基因组序列。本发明不需要分离纯化叶绿体，而以全转录组数据为模板，利用叶绿体的保守特性，无需进行拼接组装，直接比对就可以筛选出完整的叶绿体基因组，简化了流程，提高了效率和实用性。
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