公开(公告)号：CN103911449B

公开(公告)日：2015-08-12

申请号：CN201410138517.7

申请日：2014-04-08

Applicant: 上海交通大学

Inventor： 赵小东 ,  邵志峰 ,  康亚妮 ,  赖登攀 ,  吴俊

IPC: C12Q1/68

Abstract: 本发明涉及一种检测RNA PAS（Poly A Site）的方法，提供了一种基于3T-seq全基因组范围分析APA的方法，包括含有oligo dT的磁珠制备，即将5'端生物素修饰的oligo dT引物与带链霉亲和素的磁珠混合结合；用所述磁珠与总RNA混合，筛选含有Poly A的RNA；逆转录，双链cDNA第二链合成，双链cDNA断裂；移除Poly A结构；末端修饰后连接测序接头；文库回收。该方法减少了RNA水平操作，在DNA水平移除Poly A序列，消除Poly结构对测序的影响；选择双链DNA断裂酶处理，在不影响文库质量的基础上在DNA水平断裂；简化实验流程，降低实验难度和造价，使其应用范围更广。

公开(公告)号：CN103911449A

公开(公告)日：2014-07-09

申请号：CN201410138517.7

申请日：2014-04-08

Applicant: 上海交通大学

Inventor： 赵小东 ,  邵志峰 ,  康亚妮 ,  赖登攀 ,  吴俊

IPC: C12Q1/68

CPC classification number: C12Q1/6869 ,  C12Q2563/143 ,  C12Q2525/173 ,  C12Q2525/131

Abstract: 本发明涉及一种检测RNA？PAS（Poly？A？Site）的方法，提供了一种基于3T-seq全基因组范围分析APA的方法，包括含有oligo？dT的磁珠制备，即将5'端生物素修饰的oligo？dT引物与带链霉亲和素的磁珠混合结合；用所述磁珠与总RNA混合，筛选含有Poly？A的RNA；逆转录，双链cDNA第二链合成，双链cDNA断裂；移除Poly？A结构；末端修饰后连接测序接头；文库回收。该方法减少了RNA水平操作，在DNA水平移除Poly？A序列，消除Poly结构对测序的影响；选择双链DNA断裂酶处理，在不影响文库质量的基础上在DNA水平断裂；简化实验流程，降低实验难度和造价，使其应用范围更广。