本发明提供了一种道岔区模态参数自动辨别方法及系统，涉及道岔区模态测试技术领域，包括：获取第一信息，第一信息包括目标道岔区的尺寸信息和测试设备的连接线长；根据第一信息对目标道岔区进行区域划分处理，得到测试区域划分结果；根据测试区域划分结果和分区MRIT模态测试方案对各测试区域依次进行激励和响应测量，得到激励‑响应数据；根据激励‑响应数据进行矩阵构建处理，得到各测试区域的模态参数稳定图；根据模态参数稳定图进行聚类处理，得到聚类结果；基于聚类结果得到模态参数辨识结果。本发明基于密度的空间聚类算法，能够自动去除虚假模态与干扰模态簇，大幅提升模态参数分析的精度与效率，最终生成道岔系统整体的模态参数分布。