本申请涉及一种改善电化学氢泵压力波动的控制系统，包括电解水制氢设备、第一直流电源、第一比例阀、电化学氢泵、第二直流电源、第二比例阀、第一压力传感器、固态储氢装置、冷水机和第一三通阀；所述电解水制氢设备、所述第一比例阀、所述电化学氢泵、所述第二比例阀、所述第一压力传感器和所述固态储氢装置依次连接；所述第一直流电源与所述电解水制氢设备连接；所述第二直流电源与所述电化学氢泵连接；所述第一三通阀分别与所述冷水机、所述电解水制氢设备、所述固态储氢装置连接。本申请还提供一种改善电化学氢泵压力波动的控制方法。本申请能稳定电化学氢泵进出口压力，改善电化学氢泵工作时的压力波动，为电化学氢泵商业化提供了可能性。