本申请提供一种晶圆检测方法及晶圆检测系统，获取通过探测器探测到的第一光斑位置以及第二光斑位置；基于第一光斑位置和第二光斑位置，调整辅助反射镜的第一倾斜度，以使第一光斑位置和第二光斑位置重合；通过探测器探测到的迈克尔逊干涉条纹，调整辅助反射镜的第一轴向距离；将参考物镜、测量物镜和第三透镜加入光路中，通过探测到的林尼克干涉条纹调整参考物镜的第二倾斜度和第一偏心距离；将辅助反射镜替换为参考反射镜，参考反射镜与参考物镜固定在同一机械件上。通过额外引入一个独立的辅助反射镜，辅助反射镜的调配自由度更高，不会被参考物镜所干扰，能够实现参考物镜和参考反射镜的装调维度的解耦，提高装调效率和准确度。