一种适用于iCER系统的海水泵变频控制系统，高位海底箱与低位海底箱通过海水总管经由海水泵分别与iCER系统板式热交换器、中央板式热交换器连接；iCER系统板式热交换器与iCER低温淡水冷却系统用户连接，连接后返回至iCER系统板式热交换器。中央板式热交换器通过三通温控阀经由低温淡水驳运泵与低温淡水冷却系统用户连接后，返回至中央板式热交换器及三通温控阀。本发明能够在保证中央淡水冷却系统和iCER系统均正常运行的情况下，最大可能的降低海水泵的功率，达到节约能源的目的，通过传感器的设计和逻辑控制，最大可能的实现了低温淡水冷却系统的自动化运行及全面的监控，降低了船舶运行中的工作强度，提供了船舶自动化运行的水平，也让船舶运行更加稳定安全。