本发明提供了一种制作发芽小麦的方法，包括以下步骤：S1、用去离子水清洗去除小麦表面杂质和悬浮粒，用清水在室温下浸泡小麦4～8h后，换水清洗一次，出水1～3h后继续浸泡，不断重复，保证小麦总浸泡时间为32～38h；S2、将浸泡后的小麦滤出，调节小麦水分为60％～70％，进行超声波处理；S3、取超声波处理后的小麦、复合菌和复合酶混匀，装入聚乙烯发酵袋中，用真空包装机抽真空并封口，放置在30～40℃的培养箱中静置48～72h，即得发芽小麦。本发明所述制作发芽小麦的方法，操作简单，制备得到的发芽小麦活性成分高，营养价值丰富，且具有一定的风味。