本发明属于植物基因工程技术领域，具体涉及一种中国菰ZlRc和ZlRd基因聚合在提高水稻种子多酚含量中的应用，ZlRd基因的核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示，ZlRc基因的核苷酸序列如SEQ ID NO：2所示。本发明的目的在于提高水稻种子多酚含量，能够同时在水稻中过表达ZlRc和ZlRd基因。在与对照植株生长环境一致的情况下，ZlRc和ZlRd基因聚合的水稻与对照组相比，水稻种子的颜色变为深棕色，水稻种子多酚含量显著提高。