一种质子化三嗪环/全氟磺酸复合质子交换膜及其制备方法和应用。本发明属于质子交换膜燃料电池领域。本发明的目的是为了解决现有全氟磺酸质子交换膜的质子传导率和机械性能不高，填料与全氟磺酸基体难以实现分子水平杂化、质子转移通道单一的技术问题。复合质子交换膜由三聚氰胺硫氰酸盐和全氟磺酸树脂制成的乳液涂布而成。方法：先利用三聚氰胺和三聚硫氰酸制得三聚氰胺硫氰酸盐；然后将其超声分散于氮甲基吡咯烷酮中，再加入全氟磺酸树脂粉末形成乳液；涂布后得到复合质子交换膜。该质子交换膜用于燃料电池或电解水装置领域。本发明的方法工艺简单，复合膜均匀，界面相容性好，能同时提升全氟磺酸质子交换膜的质子传导率和机械性能。