本发明属于生态治理方法的技术领域，具体涉及一种水系连通型河道生态治理方法，包括以下步骤：S1、在主河道的每一河道汇水口处均设置过滤坝；过滤坝的坝体由上层、中层和下层组成；上层为C30混凝土，中层为C30透水混凝土，下层为C30混凝土；中层为过滤层，为植物生长提供载体，为微生物生长提供稳定的依附表面；坝体的垂直面设置有复合生物膜；S2、在主河道内每隔一段距离设置一座溢流坝进行污水处理；S3、在主河道的下游设置湿地，在湿地的上游设置景观坝。本发明采用过滤坝、溢流坝、湿地和景观坝的三净化处理，实现了河道水质的综合协同治理，将污水深度净化。