本发明公开了一种交流系统的零序过流保护方法及装置、设备，方法包括：采集交流系统中每一预设线路的零序电流；对零序电流进行傅里叶变换，得到零序频域信号；筛选出超过预设频谱阈值的零序频域信号，得到故障数据；当根据故障数据分析得到故障原因包括谐波故障时，对产生谐波故障的预设线路接入电容模块。本发明能够精确识别零序过流的频率特征和成分，能够供快速识别得到故障数据，从而准确判断发生故障的线路；在确定故障线路后，能够根据故障数据选择对应的电容模块接入到故障线路以削弱零序过流的影响，可有效减小故障对交流系统中其他部分带来的不良影响，能够有效提高整体交流系统的供电的可靠性。