本发明属于建筑材料技术领域，涉及一种辛基含氟有机硅树脂乳液及其制备方法与其在混凝土表面防护中的应用。以重量份数计，包括如下原料，乳化剂3～4份，聚乙二醇0.5～1份，有机硅消泡剂0.3～0.5份，硅丙乳液10～12份，水25～30份，硅烷55～60份；其中，所述乳化剂由平平加O和Span80按照质量比为1.22～1.71:1组成；所述硅烷由1H,1H,2H,2H‑全氟辛基三乙氧基硅烷和异辛基三乙氧基硅烷按照质量比为2.5～3.5:1。本发明提供的辛基含氟有机硅树脂乳液不仅能够有效防止乳液分层，而且其施加于混凝土表面后附着力强，浸渍效果好、防水性能优异。