本发明公开了一种花粉自动采样防堆叠控制方法，其属于花粉监测领域，其包括获取当前载玻片每个采样区域的多张灰度图像；统计灰度图像中黑色区域内像素点的计数值；判断当前载玻片所有Pr是否都大于1或采样区域数量是否小于采样数量阈值，若是，选取当前载玻片的最大计数值作为堆叠度反馈值；否则根据每个采样区域的计数值，更新PID控制器的输出，再更新采样比例Pr；当Pr≥1时，下一载玻片的采样停留时长保持不变，当Pr＜1时，下一载玻片对应采样区域的采样时长=Ts×Pr；根据堆叠度反馈值，更新PID控制器的输出out2，更新采样区域数量St；根据St更新下一载玻片采样区域的采样停留时长和采样区域的采样时长等于Ts。