本发明公开了一种适用于码头改造的水上沉桩方法，包括以下步骤：S1、采用水下三维扫测为主、水上三维扫测校核的技术对老桩数据进行收集；S2、根据老桩的三维扫测数据，复核每个桩位，对碰桩可能较大的桩基参数进行修改；S3、采用水上吊打桩设备根据步骤S2修改后的桩基参数进行沉桩作业；S4、在步骤S3的沉桩过程中遇到不明障碍物而沉桩困难时，通过水上吊打桩设备将桩基吊回，重复进行步骤S2到步骤S3，反复调整复核，直至顺利沉桩；S5、在将所有桩位的桩基均沉桩结束后，根据设计标高割除高出的桩基部分。本发明的适用于码头改造的水上沉桩方法，通过三维模型进行桩位复核，最大程度上避免了沉桩路线中的碰桩情况。