本公开涉及水平安定面配平控制系统和方法。一种水平安定面配平控制方法可包括：由飞控计算机基于飞行数据根据飞行控制率确定控制指令，通过第一总线分别向第一配平通道的第一通道计算机以及第二配平通道的第二通道计算机传送主/备通道控制信号，以将第一配平通道和第二配平通道中的一者确定为主用配平通道，通过第一总线向主用通道计算机传送控制指令，由主用通道计算机通过第二总线将控制指令传送给主用配平电子控制器，由主用配平电子控制器向主用控制模块传送控制指令，以及由主用控制模块将控制指令作用于作动器。根据本公开的水平安定面配平控制方法能够在各种工作模式下有效防止双同时通道配平发生。