本发明公开了一种基于三维跟踪的小鼠行为检测方法及系统，方法包括以下步骤：采集饲养箱中小鼠的若干图像，所述图像包括：RGB图像和深度图像，对所述RGB图像和所述深度图像进行预处理，得到三维点云图像；对所述RGB图像中的小鼠进行定位跟踪，得到单只小鼠的位置信息；基于所述位置信息，从所述三维点云图像中裁剪出单只小鼠的小点云图像，并基于所述小点云图像提取分割出的部位的特征点；基于所述特征点判断小鼠的体型数据和行为。本发明实现对小鼠身体状况的检测，为小鼠相关实验比如医药实验提供有力的技术支持。同时本系统采用智能存储形式，有选择的存储数据，降低存储成本。