本发明公开了一种基于主动电极的低噪声脑电采集系统，涉及脑机接口技术领域，包括主动电极、脑电采集模块和上位机，所述主动电极内集成有抗混叠滤波电路和开关斩波调制器，所述脑电采集模块包括依次级联的多级并联降噪电路、全差分仪表放大器、模数转换器和单片机；在每个脑电信号采集周期T内，所述开关斩波调制器在斩波开关闭合时间段采集抗混叠滤波处理后的脑电信号并调制到更高频段，在斩波开关断开时间段采集电路中噪声信号；所述上位机用于基于数字信号处理算法，利用来自于所述单片机的数字相关双采样信号复原脑电信号。本发明能有效降低采集的脑电信号的噪声。