本申请涉及一种脑深部电刺激信号伪迹去除方法、系统和存储介质，该脑深部电刺激信号伪迹去除方法包括：通过获取原始脑电信号，原始脑电信号为对生物体进行脑深部电刺激采集得到；将原始脑电信号与预设的检测阈值进行对比，得到刺激伪迹的起始位置，根据起始位置得到待处理信号，其中，待处理信号包含经过脑深部电刺激产生的伪迹；将待处理信号输入至目标深度学习模型中进行去伪迹处理，得到预测信号；将预测信号替换原始脑电信号中的待处理信号，得到目标脑深部电刺激信号，解决了相关技术中去伪迹技术导致单个神经元锋电位信号检出的准确性低的问题。