本发明提供一种晶圆损伤层去除方法及设备，应用于半导体领域。该方法包括：获取晶圆的损伤层厚度#imgabs0#和减薄工艺的损伤层厚度#imgabs1#；根据所述损伤层厚度#imgabs2#和所述损伤层厚度#imgabs3#计算去除量#imgabs4#；根据所述去除量#imgabs5#控制减薄装置对晶圆损伤层进行减薄；获取减薄处理后的晶圆的损伤层厚度#imgabs6#；根据所述损伤层厚度#imgabs7#确定抛光工艺的进给量；根据所述进给量控制抛光装置对晶圆损伤层进行抛光。本发明实现了精确地去除晶圆表面的损伤层，减少了材料的损耗。