本发明公开了基于正弦频率调制的水下探测与通信一体化系统及方法，属于水下探测与通信领域，系统包括负责信号发射和回波信号接收处理的一体化模块发射端和负责一体化信号接收和通信处理的一体化模块接收端；系统采集到的一体化信号采用经过最小频移键控调制后的正弦频率调制信号，当传输信号为1时，信号相位增加#imgabs0#当传输信号为0时，信号相位减少#imgabs1#能够使得作为探测信号的正弦频率调制信号的相位携带传输信息，同时也将水下探测和水下通信相关联。本发明将二进制通信信息以最小频移键控的方式存放在探测信号的相位当中，在实现水下探测能力的同时完成水下平台之间的通信，实现了水下探测与通信的一体化，提高了探测精度和通信质量。