本申请公开一种钢沉井水下分仓封底施工方法，包括以下步骤：在钢沉井的外刃脚和内刃脚处设置活动挡板；钢沉井包括沿周向均匀设置的多个第一井筒和沿周向均匀设置的多个第二井筒，第一井筒有十六个，第二井筒有四个；外刃脚和内刃脚位于第一井筒的外壁底部和内壁底部；将钢沉井沉放至基坑处，将活动挡板下放至海底，使第一井筒的外壁底部和内壁底部之间密封；对四个第一井筒进行封底及刃脚注浆；四个第一井筒关于钢沉井的横桥向中心线和纵桥向中心线均对称设置；对边缆侧井筒进行封底及刃脚注浆；对主缆侧井筒进行封底及刃脚注浆；对第二井筒进行封底及刃脚注浆。该方法能保证钢沉井的水下封底质量，进而确保钢沉井在海洋环境中的安全。