本发明属于燃料电池技术领域，涉及基于热电比调控约束的燃料电池系统寿命优化方法和系统，获取多个单机燃料电池系统的初始基准电压，在正常运行工况下进行耐久性能提前测试，获得基准电压随时间的变化关系；在正常运行工况下实时监控单机燃料电池系统的运行电压，获取实时监测电压和实时电压偏差，计算得到正常运行过程中单机燃料电池系统的真实性能衰减情况；获取单机燃料电池系统运行在各个电流密度点下的性能预期衰减情况及可利用热量情况，计算得到单机燃料电池系统稳定运行时的健康状态边界，对单机燃料电池系统进行工作模式优化。本发明中多机系统衰减性能不一致情况逐步缓解，满足热电负荷比条件下多机燃料电池热电联供系统寿命的提升。