本发明公开了一种基于无人机和神经网络的桥梁病害区域的三维定位方法及系统，首先通过无人机对待检测桥梁进行拍摄，生成第一桥梁三维模型，根据第一桥梁三维模型规划巡检路径和多个视点，无人机在多个视点处拍摄桥梁的高分辨率图像；根据所述高分辨图像建立第二桥梁三维模型，通过神经网络对采集到的高分辨率图像进行病害区域的识别；通过多边形拟合算法确定每个病害区域的边界，然后通过相应的算法建立了图片二维点与模型三维点的映射关系，以此实现了病害区域在第二桥梁三维模型上的精确的三维定位。该种方法相比于现有技术中的其它三维定位方法，具有更高的精确性，使得工作人员能直观地从桥梁三维模型上看到病害区域的分布。