本发明提供一种恶劣海况高桩码头施工装置及其方法，包括两排分别位于码头桩基两侧的临时桩基，两排临时桩基的顶部均设置有行走支撑结构，两个行走支撑结构上设置有轮胎式龙门吊，用于桩基、桩内钢筋笼、预制桩芯桩帽、预制梁和预制板的安装。通过临时支撑体系和龙门吊，实现了高桩码头从桩基施工、梁板吊运和现浇施工的一体化作业，减少了风浪对现场施工作业的影响，提高了施工效率，降低了工程成本，借鉴机械化和工厂化施工的理念，通过龙门吊实现码头全流程全构件的吊装，另外通过遮雨棚的覆盖，规避了降雨的大风对施工作业的影响，大幅提高了现场施工效率。