本发明公开了一种天然分子基活性剂、制备方法及其应用。所述天然分子基活性剂的制备原料包括肉桂酸、脱乙酰壳聚糖和偶联试剂；所述偶联试剂选自1‑乙基‑(3‑二甲基氨基丙基)碳酰二亚胺和N‑羟基琥珀酰亚胺的一种或两种的混合。本发明的天然分子基活性剂具有优异乳化能力，能用于制备具有储藏稳定性、消化稳定性、缓释能力的高内相乳液，安全、大小可调的细胞支架，以及有良好润湿性、吸附能力的气凝胶，天然分子基活性剂整体具有安全、无毒、抗菌、乳化、可食用、吸附等优势。