穴盘幼苗分级移栽系统及分级移栽方法，涉及自动化移栽技术。穴盘幼苗分级移栽系统，包括穴盘输送装置、幼苗顶出装置和穴盘拦停装置；穴盘输送装置包括输送带；输送带上端中部设有避让段；幼苗顶出装置用于将位于幼苗顶出装置上方的穴盘中的幼苗顶出；穴盘拦停装置用于拦停或放行穴盘。穴盘幼苗分级移栽方法，应用于穴盘幼苗分级移栽系统，过程如下：箱体贯通孔与穴盘等分体奇数行镂空孔对接；穴盘等分体奇数行育苗坑中的幼苗分级移栽；箱体贯通孔与穴盘等分体偶数行镂空孔对接；穴盘等分体偶数行育苗坑中的幼苗分级移栽。本发明实现了幼苗分选移栽环节的自动化操作，独创性的设计了幼苗“间隔顶出”的方式，降低单株幼苗图像采集分隔难度。