本发明涉及食品加工技术领域，尤其涉及一种β‑酪蛋白磷酸肽产品的制备方法及其应用。制备包括以下步骤：β‑酪蛋白原料加水溶解后进行酶解，将酶解液进行非特异性分离，将分离液进行富集，得到β‑酪蛋白磷酸肽产品。本发明的方法符合食品安全要求，成本较低且洗脱方便，效率高，适用于工业规模化生产。本发明制备得到的β‑酪蛋白磷酸肽产品中的β‑CPP含量更接近母乳，消化和吸收更亲和宝宝胃肠道，从而实现酪蛋白磷酸肽的母乳化，且研究表明，其有较好的促进钙、铁、锌、硒、锰等元素吸收的生理功能。本发明制备得到的β‑酪蛋白磷酸肽产品可以用于婴幼儿配方食品、婴幼儿辅助食品、调制乳及乳粉、奶酪、饮料及谷物类食品。