本发明公开一种癫痫脑电信号处理方法、系统及辅助诊断设备，属于脑电信号处理技术领域。包括如下步骤：获取原始癫痫脑电图信号；预处理原始癫痫脑电图信号，以获得预处理癫痫脑电图信号；运行混合模块，混合模块具有特征提取和特征分类功能，混合模块是基于卷积神经网络和长短期记忆网络训练获得的混合模块；混合模块接收预处理癫痫脑电图信号，利用卷积神经网络对其进行特征提取，利用长短期记忆网络将其分类至相应的数据标签下；基于预处理癫痫脑电图信号子集训练长短期记忆网络，输出多个数据标签，每一数据标签均用于表征患病程度。用于提高提高癫痫脑电信号分类的准确率，实现精准辅助癫痫诊断的目的。