本发明涉及水生态环境技术领域，公开了一种动水环境中微囊藻迁移分布数值模拟方法及装置，方法包括：基于预设紊流模型建立水动力模型，并基于预设边界条件对其进行求解；基于微囊藻单细胞密度与群体密度的关系及细胞密度随光强变化规律建立密度变化模型，并基于光强变化和衰减的定律对其进行求解；基于微囊藻群体运动速度建立自身迁移模型，并基于密度变化模型的求解结果对其进行求解；建立用于模拟微囊藻在动水环境中的迁移分布的浓度分布模型并将水动力模型、密度变化模型和自身迁移模型对应的求解结果代入，基于预设求解方法对浓度分布模型进行求解，得到微囊藻的浓度分布模拟结果。本发明能够更准确地模拟微囊藻在动水环境中的垂向浓度分布。