本发明提供一种面向模态缺失的影像数据的脑图谱个体化方法及系统，涉及计算机技术领域，方法包括：获取个体的目标影像数据包括的第一模态组的指纹图；根据第一模态组中的第一部分模态的指纹图，预测得到目标影像数据所缺失的第二模态组的指纹图；基于预测得到的目标影像数据所缺失的所述第二模态组的指纹图，以及第一模态组中的第二部分模态的指纹图，得到个体脑图谱。本发明基于较易采集的模态的指纹图，预测得到难以采集的部分模态的指纹图，能够从缺失某一模态的影像数据中获取这些缺失模态所具有的信息的指纹图，提高个体化脑图谱绘制的准确程度。