本发明公开了一种深水导管架分段海上安装方法，包括以下步骤：将深水导管架分上段导管架和下段导管架分别在目标场地建造；运输驳船将下段导管架装船并运送至指定位置；将下段导管架下水，并进底部调平；运输驳船将上段导管架装船并运送至指定位置并完成下水；起重船扶正上段导管架，上段导管架和下段导管架通过对准装置完成对接；上段导管架和下段导管架准确对接后，通过法兰锁具完成上段导管架和下段导管架的限位固定；导管架整体调平后利用灌浆机对桩基础和连接处依次灌浆，完成安装。本发明不仅降低了对大型运输船舶资源的依赖，分段的导管架可以同时建造、装船和运输，降低了施工风险和工程投资成本，提高了施工效率和可靠性。