本发明属于FPGA安全领域，具体涉及一种FPGA比特流加解密系统安全性评估的方法和装置，旨在解决现有的FPGA芯片存在加密比特流被解析的风险，若无法有效检测，会造成极大的安全性隐患的问题。本发明方法包括：获取加密比特流，作为第一比特流；基于明文比特流中各子功能对应的位置，对第一比特流进行密文修改，得到第二比特流；对第二比特流进行解密，并读取解密后的第二比特流的片段，作为第三比特流；将第三比特流与明文比特流进行比对，根据比对结果得到目标FPGA芯片其对应的比特流加解密系统的安全性。本发明实现了对FPGA芯片中可能被解析的加密比特流的有效检测，即评估，提升了FPGA芯片的安全性。