本发明涉及批量生物数据处理方法，包括：获取用户输入的初始命令行命令；获取所述用户针对所述初始命令行命令输入的标记信息，所述标记信息包括所述初始命令行命令中携带的生物信息文件的输入信息和/或输出信息；根据所述标记信息，向所述用户响应对应的关联控制界面，以供用户通过所述关联控制界面输入所述输入信息对应的待输入的生物信息文件的匹配策略，和/或待输出的生物信息文件的输出规则，以及批量命令转换规则；根据所述待输入的生物信息文件的匹配策略，和/或待输出的生物信息文件的输出规则，并结合所述批量命令转换规则，生成针对若干生物信息文件进行处理的批量命令行命令；执行所述批量命令行命令，并向所述用户反馈执行结果。