本发明涉及排水管道病害诊断技术领域，涉及一种排水管道淤积病害双层智能诊断方法及系统，包括：一、基于流体动力学的管道淤积病害瞬时水力模型分析；二、利用真实管道淤积多场耦合指标数据集与足尺试验指标数据集进行对比、场景条件调整，以足尺试验‑精细化数值模拟‑现场定期监测为多维度数据驱动路径，实现多维度数据驱动分析与筛选；三、结合去噪自编码器和生成对抗网络，实现管道淤积数据集多源异构数据融合和数据集扩充；四、建立知识‑数据协同驱动的排水管道淤积病害双层智能诊断模型并对模型进行训练；五、得到的管道淤积双层智能诊断结果。本发明能较佳地诊断排水管道病害。