本发明提供一种用于高压舱具有双隔离舱室结构的搅拌装置，包括舱顶驱动装置和舱内搅拌装置，所述的舱顶驱动装置包括驱动机构、双舱室结构和补偿系统；所述舱内搅拌装置包括导管结构和搅拌结构；高压舱压力输出液压管路接收高压实验舱内高压流体，经过下舱室和三通输入进两个囊式补偿器中。所述囊式补偿器通过上舱室压力输入液压管路和下舱室压力输入液压管路将高压实验舱内压力传递至上下舱体,实现上舱室、下舱室与高压试验舱之间的压力平衡，减少搅拌上轴与中间隔离板和下舱体底板的动密封的难度。本发明实现大尺寸高压舱内介质的均匀分布，防止电机介入试验环境，不能影响冷泉高压舱内部的实验研究。