本发明公开了一种降解环氧合酶2及流感病毒核蛋白的PROTAC化合物及其制备方法与应用。所述PROTAC化合物的结构式如式Ⅰ所示，可靶向降解环氧合酶2，式I、式II所示化合物可靶向降解A型流感病毒和B型流感病毒的NP蛋白，因而可以用于制备治疗流感病毒引起的上呼吸道感染和肺炎。本发明提供的式I所示化合物对COX2蛋白有明显降解作用，对PGE2的分泌具有明显的抑制作用，式I和式II所示化合物对两种流感病毒NP蛋白具有明显降解作用，对两种流感病毒的增殖有明显抑制作用，对肺部炎症具有明显减轻作用。