本发明公开了一种用于计算隐蔽卫星导航系统伪距测量误差的方法，其步骤包括：1)设置若干天线作为发射天线，各所述发射天线分别发射隐蔽导航信号至对应的静止轨道通信卫星，各所述静止轨道通信卫星将收到的隐蔽导航信号转发至抗干扰数字多波束天线接收机；2)接收天线接收被隐蔽利用的卫星转发器载波信号发送给数据处理单元；数据处理单元计算得到该信号的功率值、带宽、调制方式和功率谱密度；3)接收机计算收到信号的功率、载噪比和功率谱密度；4)数据处理单元计算隐蔽深度、抗干扰品质因数以及该背景业务信号存在时的等效载噪比；5)对于调制方式为BPSK调制时，数据处理单元计算得到热噪声导致的码相位测量误差均方差。