本发明涉及一种基于协同效益综合评价的综合能源系统优化方法及装置，包括以下步骤：确定工业企业综合能源系统不同维度的不同评价指标，其中，维度包括灵活韧性、节能增效、经济绩效、绿色低碳四个系统特性维度；利用主观赋权的层次分析法和客观赋权的熵权法相结合的方式确定评价指标的组合权重；基于灰色关联度分析法评价组合权重；基于组合权重评价结果优化工业企业综合能源系统。与现有技术相比，本发明具有评价结果可靠性高，能够更好的指导系统优化等优点。