本发明涉及一种基于构象动力学设计提高酶稳定性和活性的方法，属于计算化学，生物信息学，基因工程以及蛋白质工程技术领域。该方法包括以下步骤：基于高压分子动力学模拟的等温压缩系数扰动筛选出与酶的性质和功能密切相关的高可塑性区域，然后对高可塑性区域的氨基酸进行动态柔性指数和动态耦合指数计算，筛选出高稳定性和活性的突变体。本发明实现了从区域到点的筛选，克服了现有技术实用性不强的问题，并且同时提高了酶的稳定性和活性，提高了酶在工业上的应用价值。