本发明涉及一种工业企业综合能源系统低碳经济运行优化方法及系统，方法包括：收集综合能源系统的相关数据，选定典型日负荷；建立综合能源低碳经济运行优化模型；基于综合能源低碳经济运行优化模型建立能量平衡约束和容量约束；通过外购能源与热电联产机组出力之和对综合能源系统建立可靠性约束、韧性约束和切负荷约束；将可靠性约束、韧性约束和切负荷约束纳入综合能源系统运行模型的模拟运行中，选择典型日进行运行模拟，得到工业企业综合能源系统低碳经济运行优化策略。与现有技术相比，本发明考虑综合能源系统低碳经济性的同时设置可靠性和韧性约束，提高系统可靠性与韧性水平，实现兼顾可靠性与韧性的工业企业综合能源系统低碳经济运行优化。