本发明公开了一种超深地连墙钢箱槽位姿态控制系统及其施工方法，采用入槽平面位置限位导向机构，实现钢箱入槽时相对导墙平面位置的粗定位；采用多点位大刚度支撑体系，减少结构柔度对钢箱槽位姿态控制的非线性影响，保证钢箱槽位姿态主动控制的准确性；采用高精度测量感知系统，实现钢箱姿态的高效、精准监测；同时通过钢箱槽位姿态主动控制系统实现重型超长钢结构在槽段内泥浆液面下姿态偏差的主动精准控制。一种超深地连墙钢箱槽位姿态控制系统及其施工方法实现了一期槽段钢结构姿态在槽段内主动精准调节的难题。