本申请提供一种三维变形结构光测量标定方法及系统，该三维变形结构光测量标定系统包括：投影仪、相机、棋盘格标靶、控制设备以及位移台；所述棋盘格标靶设置于所述位移台上，所述棋盘格标靶中的一种棋盘格的颜色为红色，另一种棋盘格的颜色为品红色；所述控制设备用于在标定三维变形测量空间区域的平面内坐标或高度坐标时，控制投影仪将预先设置的单色红光条纹图像或照明白光投影至所述棋盘格标靶上，且控制位移台沿棋盘格标靶的高度方向进行多次移动，每次移动预设间隔数值；所述控制设备还用于获取棋盘格标靶对应的三维标定相关数据；根据三维标定相关数据确定预设光路测量模型中的标定系数。本申请的系统实现了高效率、高精度的标定。